Las Islas de Juan Fernández conforman un pequeño archipiélago de tres islas volcánicas subtropicales, ubicado a 670 km de las costas de Chile. La Isla Robinson Crusoe, antes conocida como Isla Más a Tierra, es la segunda más grande (47,9 km2) con la cumbre de El Yunque que se eleva a 915 m. Muy cerca se encuentra la isla más pequeña, Santa Clara (2,2 km2). La isla más grande, Alejandro Selkirk (49,5 km2), llamada antiguamente Isla Más Afuera, está 180 km más al oeste y se eleva hasta los 1.268 m. La precipitación media anual es de 1.081 mm, y varía entre 318 y 1698 mm -las elevaciones de más de 500 m pueden recibir lluvia diariamente. Las zonas más bajas, en el lado occidental de las islas de Robinson Crusoe y Santa Clara, son típicamente muy secos. Las dos islas más grandes tienen pastizales de baja altitud sobre los cuales hay bosques montañosos de hoja perenne con helechos arborescentes. De las 285 especies de plantas nativas, 144 son endémicas, el 70% de las cuales son únicas en la isla. Las especies de plantas introducidas invasoras, los incendios y el pastoreo han degradado o destruido gran parte de los bosques. Cinco especies están ahora registradas como extintas - Eryngium sarcophyllum, Podophorus bromoides, Robinsonia berteroi, Robinsonia macrocephala, y Santalum fernandezianum.
Taxones endémicos en Archipiélago de Juan Fernández
- Abrotanella linearifolia A.Gray
- Acaena masafuerana Bitter
- Agrostis masafuerana Pilg.
- Apium chilense Hook. & Arn.
- Apium fernandezianum Johow
- Argyrochosma chilensis (Fée & J. Rémy) Windham
- Arthropteris altescandens (Colla) J. Sm.
- Asplenium macrosorum Bertero ex Colla
- Asplenium obtusatum G. Forst. var. sphenoides (Kunze) C. Chr. ex Skottsb.
- Asplenium stellatum Colla
- Azara serrata Ruiz & Pav. var. fernandeziana (Gay) Reiche
- Bahia ambrosioides Lag.
- Berberis corymbosa Hook. & Arn. var. corymbosa
- Berberis masafuerana Skottsb.
- Blechnum cycadifolium (Colla) J.W. Sturm
- Blechnum longicauda C.Chr.
- Blechnum mochaenum G. Kunkel var. fernandezianum (Looser) de la Sota
- Blechnum mochaenum G. Kunkel var. fernandezianum (Looser) de la Sota
- Blechnum schottii (Colla) C.Chr.
- Boehmeria excelsa (Bertero ex Steud.) Wedd.
- Callitriche berteroana (Hegelm.) Lansdown & Hassemer
- Cardamine kruesselii Johow ex Reiche
- Carex aspericaulis (G.A.Wheeler) J.R.Starr,
- Carex berteroniana Steud.
- Carex fernandesiana (Nees ex Boeckeler) J.R.Starr
- Carex fernandezensis Mack. ex G.A. Wheeler
- Carex firmula (Kük.) J.R.Starr subsp. firmula
- Carex macloviformis (G.A.Wheeler) J.R.Starr
- Carex plurinervata J.R.Starr
- Carex stuessyi G.A. Wheeler
- Centaurodendron dracaenoides Johow
- Centaurodendron palmiforme Skottsb.
- Centaurodendron schilleri Penneck., N. Garcia & Susanna
- Chenopodium crusoeanum Skottsb.
- Chenopodium nesodendron Skottsb.
- Chenopodium sanctae-clarae Johow
- Chusquea fernandeziana Phil.
- Colletia spartioides Bertero ex Colla
- Coprosma oliveri Fosberg
- Coprosma pyrifolia (Hook. & Arn.) Skottsb.
- Cuminia eriantha (Benth.) Benth.
- Danthonia malacantha (Steud.) Pilg.
- Dendroseris berteroana (Decne.) Hook. & Arn.
- Dendroseris gigantea Johow
- Dendroseris litoralis Skottsb.
- Dendroseris macrantha (Bertero ex Decne.) Skottsb.
- Dendroseris macrophylla D.Don
- Dendroseris marginata (Bertero ex Decne.) Hook. & Arn.
- Dendroseris micrantha (Bertero ex Decne.) Hook. & Arn.
- Dendroseris neriifolia (Decne.) Hook. & Arn.
- Dendroseris pinnata (Bertero ex Decne.) Hook. & Arn.
- Dendroseris pruinata (Johow) Skottsb.
- Dendroseris regia Skottsb.
- Dicksonia berteroana (Colla) Hook.
- Dicksonia externa C. Chr. & Skottsb.
- Drimys confertifolia Phil.
- Dysopsis hirsuta (Müll. Arg.) Skottsb.
- Erigeron fernandezius (Colla) Harling
- Erigeron ingae Skottsb.
- Erigeron luteoviridis Skottsb.
- Erigeron rupicola Phil.
- Eryngium bupleuroides Hook. & Arn
- Eryngium fernandezianum Skottsb.
- Eryngium inaccessum Skottsb.
- Eryngium sarcophyllum Hook. & Arn.
- Escallonia callcottiae Hook. & Arn
- Euphrasia formosissima Skottsb. subsp. formosissima
- Euphrasia formosissima subsp. ecuharensis Danton & Perrier
- Festuca dolichathera Röser & Tkach
- Galium masafueranum Skottsb.
- Gaultheria racemulosa (DC.) D.J. Middleton
- Gavilea insularis M.N. Correa
- Greigia berteroi Skottsb.
- Gunnera bracteata Steud. ex G. Benn.
- Gunnera masafuerae Skottsb.
- Gunnera peltata Phil.
- Haloragis masafuerana Skottsb. var. asperrima (Skottsb.) Orchard
- Haloragis masafuerana Skottsb. var. masafuerana
- Haloragis masatierrana Skottsb.
- Hymenophyllum cuneatum Kunze var. cuneatum
- Hymenophyllum cuneatum Kunze var. rariforme C. Chr. & Skottsb.
- Hymenophyllum rugosum C. Chr. & Skottsb.
- Juania australis (Mart.) Drude ex Hook.f
- Lactoris fernandeziana Phil.
- Lardizabala biternata Ruiz & Pav.
- Luzula masafuerana Skottsb.
- Machaerina scirpoidea (Steud.) T. Koyama
- Margyricarpus digynus Skottsb.
- Megalachne berteroniana Steud.
- Megalachne masafuerana (Skottsb. & Pilg. ex Pilg.) Matthei
- Megalachne robinsoniana C. Peñ
- Megalastrum glabrius (C.Chr. & Skottsb.) Sundue, Rouhan & R.C.Moran
- Megalastrum inaequalifolium (Colla) A.R.Sm. & R.C.Moran
- Megalastrum masafuerae Sundue, Rouhan & R.C. Moran
- Micropsis nana DC.
- Myrceugenia schulzei Johow
- Nicotiana cordifolia Phil. subsp. cordifolia
- Nicotiana cordifolia Phil. subsp. sanctaclarae Danton
- Notanthera heterophylla (Ruiz & Pav.) G. Don
- Nothomyrcia fernandeziana (Hook. & Arn.) Kausel
- Ochagavia elegans Phil.
- Ophioglossum fernandezianum C.Chr.
- Oxalis tortuosa Lindl.
- Peperomia berteroana Miq.
- Peperomia fernandeziana Miq.
- Peperomia margaritifera Bertero ex Hook.
- Peperomia skottsbergii C. DC.
- Phalaris amethystina Trin.
- Plantago fernandezia Bertero ex Barnéoud
- Plantago firma Kunze ex Walp.
- Podophorus bromoides Phil.
- Polypodium masafuerae Phil.
- Polystichum tetragonum Fée
- Pteris berteroana J. Agardh
- Ranunculus caprarum Skottsb.
- Rhaphithamnus venustus (Phil.) B.L. Rob.
- Robinsonia berteroi (DC.) R.W.Sanders, Stuessy & Martic.
- Robinsonia evenia Phil.
- Robinsonia gayana Decne.
- Robinsonia gracilis Decne.
- Robinsonia macrocephala Decne.
- Robinsonia masafuerae Skottsb.
- Robinsonia saxatilis Danton
- Robinsonia thurifera Decne.
- Rumohra berteroana (Colla) R. Rodr.
- Santalum fernandezianum Phil.
- Selkirkia berteroi (Colla) Hemsl.
- Serpyllopsis caespitosa (Gaudich.) C. Chr. var. fernandeziana C. Chr. & Skottsb.
- Solanum fernandezianum Phil.
- Sophora fernandeziana (Phil.) Skottsb. var. fernandeziana
- Sophora fernandeziana (Phil.) Skottsb. var. reedeana (Phil.) Skottsb.
- Sophora masafuerana (Phil.) Skottsb.
- Spergularia confertiflora Steud.
- Spergularia masafuerana Skottsb.
- Sticherus lepidotus (R.A. Rodr.) R.A. Rodr. & Ponce
- Sticherus squamulosus (Desv.) Nakai var. squamulosus
- Synammia intermedia (Colla) G.Kunkel ssp. intermedia
- Synammia intermedia (Colla) G.Kunkel ssp. masafuerana (C.Chr. & Skottsb.) G.Kunkel
- Taraxacum fernandezianum Dahlst. ex Skottsb.
- Thyrsopteris elegans Kunze
- Trichomanes exsectum Kunze
- Trichomanes ingae C. Chr. & Skottsb.
- Trichomanes philippianum J.W. Sturm
- Ugni selkirkii (Hook. & Arn.) O. Berg
- Urtica glomeruliflora Steud.
- Urtica masafuerae Phil.
- Wahlenbergia berteroi Hook. & Arn.
- Wahlenbergia fernandeziana A. DC.
- Wahlenbergia grahamiae Hemsl.
- Wahlenbergia masafuerae (Phil.) Skottsb.
- Yunquea tenzii Skottsb.
- Zanthoxylum externum (Skottsb.) Stuessy
Taxones endémicos que solo se encuentran en Archipiélago de Juan Fernández
- Acaena masafuerana Bitter
- Agrostis masafuerana Pilg.
- Apium fernandezianum Johow
- Argyrochosma chilensis (Fée & J. Rémy) Windham
- Arthropteris altescandens (Colla) J. Sm.
- Asplenium macrosorum Bertero ex Colla
- Asplenium stellatum Colla
- Azara serrata Ruiz & Pav. var. fernandeziana (Gay) Reiche
- Berberis corymbosa Hook. & Arn. var. corymbosa
- Berberis masafuerana Skottsb.
- Blechnum cycadifolium (Colla) J.W. Sturm
- Blechnum longicauda C.Chr.
- Blechnum mochaenum G. Kunkel var. fernandezianum (Looser) de la Sota
- Blechnum mochaenum G. Kunkel var. fernandezianum (Looser) de la Sota
- Blechnum schottii (Colla) C.Chr.
- Boehmeria excelsa (Bertero ex Steud.) Wedd.
- Cardamine kruesselii Johow ex Reiche
- Carex aspericaulis (G.A.Wheeler) J.R.Starr,
- Carex berteroniana Steud.
- Carex fernandesiana (Nees ex Boeckeler) J.R.Starr
- Carex fernandezensis Mack. ex G.A. Wheeler
- Carex firmula (Kük.) J.R.Starr subsp. firmula
- Carex macloviformis (G.A.Wheeler) J.R.Starr
- Carex plurinervata J.R.Starr
- Carex stuessyi G.A. Wheeler
- Centaurodendron dracaenoides Johow
- Centaurodendron palmiforme Skottsb.
- Centaurodendron schilleri Penneck., N. Garcia & Susanna
- Chenopodium crusoeanum Skottsb.
- Chenopodium nesodendron Skottsb.
- Chenopodium sanctae-clarae Johow
- Chusquea fernandeziana Phil.
- Colletia spartioides Bertero ex Colla
- Coprosma oliveri Fosberg
- Coprosma pyrifolia (Hook. & Arn.) Skottsb.
- Cuminia eriantha (Benth.) Benth.
- Dendroseris berteroana (Decne.) Hook. & Arn.
- Dendroseris gigantea Johow
- Dendroseris litoralis Skottsb.
- Dendroseris macrantha (Bertero ex Decne.) Skottsb.
- Dendroseris macrophylla D.Don
- Dendroseris marginata (Bertero ex Decne.) Hook. & Arn.
- Dendroseris micrantha (Bertero ex Decne.) Hook. & Arn.
- Dendroseris neriifolia (Decne.) Hook. & Arn.
- Dendroseris pinnata (Bertero ex Decne.) Hook. & Arn.
- Dendroseris pruinata (Johow) Skottsb.
- Dendroseris regia Skottsb.
- Dicksonia berteroana (Colla) Hook.
- Dicksonia externa C. Chr. & Skottsb.
- Drimys confertifolia Phil.
- Dysopsis hirsuta (Müll. Arg.) Skottsb.
- Erigeron fernandezius (Colla) Harling
- Erigeron ingae Skottsb.
- Erigeron luteoviridis Skottsb.
- Erigeron rupicola Phil.
- Eryngium bupleuroides Hook. & Arn
- Eryngium fernandezianum Skottsb.
- Eryngium inaccessum Skottsb.
- Eryngium sarcophyllum Hook. & Arn.
- Escallonia callcottiae Hook. & Arn
- Euphrasia formosissima Skottsb. subsp. formosissima
- Euphrasia formosissima subsp. ecuharensis Danton & Perrier
- Festuca dolichathera Röser & Tkach
- Galium masafueranum Skottsb.
- Gaultheria racemulosa (DC.) D.J. Middleton
- Gavilea insularis M.N. Correa
- Greigia berteroi Skottsb.
- Gunnera bracteata Steud. ex G. Benn.
- Gunnera masafuerae Skottsb.
- Gunnera peltata Phil.
- Haloragis masafuerana Skottsb. var. asperrima (Skottsb.) Orchard
- Haloragis masafuerana Skottsb. var. masafuerana
- Haloragis masatierrana Skottsb.
- Hymenophyllum cuneatum Kunze var. rariforme C. Chr. & Skottsb.
- Hymenophyllum rugosum C. Chr. & Skottsb.
- Juania australis (Mart.) Drude ex Hook.f
- Lactoris fernandeziana Phil.
- Luzula masafuerana Skottsb.
- Machaerina scirpoidea (Steud.) T. Koyama
- Margyricarpus digynus Skottsb.
- Megalachne berteroniana Steud.
- Megalachne masafuerana (Skottsb. & Pilg. ex Pilg.) Matthei
- Megalachne robinsoniana C. Peñ
- Megalastrum glabrius (C.Chr. & Skottsb.) Sundue, Rouhan & R.C.Moran
- Megalastrum inaequalifolium (Colla) A.R.Sm. & R.C.Moran
- Megalastrum masafuerae Sundue, Rouhan & R.C. Moran
- Myrceugenia schulzei Johow
- Nicotiana cordifolia Phil. subsp. cordifolia
- Nicotiana cordifolia Phil. subsp. sanctaclarae Danton
- Nothomyrcia fernandeziana (Hook. & Arn.) Kausel
- Ochagavia elegans Phil.
- Ophioglossum fernandezianum C.Chr.
- Peperomia berteroana Miq.
- Peperomia margaritifera Bertero ex Hook.
- Peperomia skottsbergii C. DC.
- Plantago fernandezia Bertero ex Barnéoud
- Podophorus bromoides Phil.
- Polypodium masafuerae Phil.
- Polystichum tetragonum Fée
- Ranunculus caprarum Skottsb.
- Rhaphithamnus venustus (Phil.) B.L. Rob.
- Robinsonia berteroi (DC.) R.W.Sanders, Stuessy & Martic.
- Robinsonia evenia Phil.
- Robinsonia gayana Decne.
- Robinsonia gracilis Decne.
- Robinsonia macrocephala Decne.
- Robinsonia masafuerae Skottsb.
- Robinsonia saxatilis Danton
- Robinsonia thurifera Decne.
- Rumohra berteroana (Colla) R. Rodr.
- Santalum fernandezianum Phil.
- Selkirkia berteroi (Colla) Hemsl.
- Serpyllopsis caespitosa (Gaudich.) C. Chr. var. fernandeziana C. Chr. & Skottsb.
- Solanum fernandezianum Phil.
- Sophora fernandeziana (Phil.) Skottsb. var. fernandeziana
- Sophora fernandeziana (Phil.) Skottsb. var. reedeana (Phil.) Skottsb.
- Sophora masafuerana (Phil.) Skottsb.
- Spergularia masafuerana Skottsb.
- Sticherus lepidotus (R.A. Rodr.) R.A. Rodr. & Ponce
- Synammia intermedia (Colla) G.Kunkel ssp. intermedia
- Synammia intermedia (Colla) G.Kunkel ssp. masafuerana (C.Chr. & Skottsb.) G.Kunkel
- Taraxacum fernandezianum Dahlst. ex Skottsb.
- Thyrsopteris elegans Kunze
- Trichomanes ingae C. Chr. & Skottsb.
- Trichomanes philippianum J.W. Sturm
- Ugni selkirkii (Hook. & Arn.) O. Berg
- Urtica glomeruliflora Steud.
- Urtica masafuerae Phil.
- Wahlenbergia berteroi Hook. & Arn.
- Wahlenbergia fernandeziana A. DC.
- Wahlenbergia grahamiae Hemsl.
- Wahlenbergia masafuerae (Phil.) Skottsb.
- Yunquea tenzii Skottsb.
- Zanthoxylum externum (Skottsb.) Stuessy