La Región de Magallanes y de la Antártica Chilena es la región más austral y de mayor extensión (c. 132.000 km2) en el país. Es también la segunda menos poblada, después de Aysén, y comprende cuatro provincias: Última Esperanza, Magallanes, Tierra del Fuego y Antártica Chilena. Topográficamente, esta remota región se caracteriza por un archipiélago de cientos de islas al oeste y al sur, y altas montañas y glaciares que incluyen elementos del Campo de Hielo Sur. Grandes extensiones marinas y lacustres incluyen Seno Última Esperanza, Fiordo Eberhard y Lago Grey. Climáticamente es una tierra de extremos contrastantes, con vastas llanuras desérticas que forman parte de la estepa patagónica, en comparación con las islas más occidentales que son los lugares más húmedos de Chile; la Isla Guarello registra hasta 9 m (9.000 mm) de lluvia al año. Los bosques subpolares de Nothofagus se extienden a lo largo de los Andes y por todo el archipiélago hasta el sur del Cabo de Hornos. Torres del Paine, una de las 11 áreas protegidas de la región, se encuentra en una transición entre los bosques subpolares magallánicos y la estepa patagónica y, por lo tanto, abarca la mayoría de los elementos topográficos de la región de Magallanes. Es esta la región con menor número de especies endémicas (33).
Taxones endémicos en Magallanes y la Antártica Chilena
- Abrotanella linearifolia A.Gray
- Abrotanella pupurea Swenson
- Abrotanella submarginata A.Gray
- Adesmia parviflora Clos
- Alopecurus heleochloides Hack.
- Anthoxanthum spicatum (Parodi) Veldkamp
- Apodasmia chilensis (Gay) B.G. Briggs & L.A.S. Johnson
- Asplenium obtusatum G. Forst. var. sphenoides (Kunze) C. Chr. ex Skottsb.
- Asplenium patagonicum R.A. Rodr. & R. Guzmán
- Atriplex chilensis Colla
- Austroblechnum leyboldtianum (Phil.) Gasper & V.A.O.Dittrich
- Baccharis mylodontis F.H.Hellwig
- Callitriche praetermissa Lansdown & Hassemer
- Carex darwinii var. serranoi (Phil.) Kük.
- Carex pisanoi G.A. Wheeler
- Carex toroensis G.A. Wheeler
- Carex transandina G.A. Wheeler
- Conyza gayana Phil.
- Galium araucanum Phil.
- Gavilea kingii (Hook. f.) M.N. Correa
- Geum quellyon Sweet
- Hordeum brachyatherum Phil.
- Hymenophyllum cuneatum Kunze var. cuneatum
- Luzuriaga polyphylla (Hook.) J.F. Macbr.
- Madia chilensis (Nutt.) Reiche
- Nassauvia coronipappa Arroyo & Martic.
- Oxalis arenaria Bertero ex Colla
- Pseudognaphalium gayanum (J.Rémy) Anderb.
- Senecio mesembrynus Cabrera
- Sisyrinchium pearcei Phil.
- Sticherus litoralis (F.Phil.) Nakai