La estepa patagónica corresponde a una estepa cubierta de grandes pastizales de Festuca, Empetrum y Mulinum, que muchas veces proveen alimento a una ganadería ovina que en alguna época llegó a sobrepasar los 5 millones de ovejas; de hecho, los suelos de la Patagonia chilena han sido degradados por la sobreexplotación en los últimos 150 años. En esta zona también existe otro tipo de vegetación más primitiva, que colonizó los territorios abandonados por glaciares y dominados por el clima post-glacial: las turberas. Estas corresponden a una vegetación baja dominada por plantas en cojines planos, con presencia importante de especies graminosas y musgos; en la superficie se va a acumulando el material vegetal durante miles de años, sin descomponerse debido a las condiciones de saturación de agua en que se desarrollan. Las turberas además son capaces de captar y retener grandes cantidades de carbono, otra razón por la que debieran ser protegidos. Por otra parte, en las islas australes de Aysén y Magallanes, el bosque presenta especies caducifolias que se mezclan con las perennifolias. Estas últimas logran habitar a mayor altitud, hasta la línea determinada por los glaciares o nieves presentes prácticamente todo el año. Aquí se encuentran especies como el ñirre (Nothofagus antarctica) y la lenga (Nothofagus pumilio), además del Ciprés de las Guaitecas (Pilgerodendron uviferum) y el mañío de hojas punzantes (Podocarpus nubigenus).
El Parque Nacional Torres del Paine es un gran exponente de la estepa patagónica; sus bosques de montaña y en las riberas de ríos son un complemento a las grandes estepas de gramíneas, que dan sustento a una vida silvestre abundante.
Taxones endémicos en Estepa Patagonica y Bosques Subpolares Magallánicos
- Abrotanella linearifolia A.Gray
- Abrotanella pupurea Swenson
- Abrotanella submarginata A.Gray
- Adesmia parviflora Clos
- Alopecurus heleochloides Hack.
- Anthoxanthum spicatum (Parodi) Veldkamp
- Apodasmia chilensis (Gay) B.G. Briggs & L.A.S. Johnson
- Asplenium obtusatum G. Forst. var. sphenoides (Kunze) C. Chr. ex Skottsb.
- Asplenium patagonicum R.A. Rodr. & R. Guzmán
- Atriplex chilensis Colla
- Austroblechnum leyboldtianum (Phil.) Gasper & V.A.O.Dittrich
- Baccharis mylodontis F.H.Hellwig
- Carex darwinii var. serranoi (Phil.) Kük.
- Carex toroensis G.A. Wheeler
- Carex transandina G.A. Wheeler
- Conyza gayana Phil.
- Galium araucanum Phil.
- Geum quellyon Sweet
- Hordeum brachyatherum Phil.
- Luzuriaga polyphylla (Hook.) J.F. Macbr.
- Madia chilensis (Nutt.) Reiche
- Nassauvia coronipappa Arroyo & Martic.
- Oxalis arenaria Bertero ex Colla
- Pseudognaphalium gayanum (J.Rémy) Anderb.
- Senecio mesembrynus Cabrera
- Sisyrinchium pearcei Phil.
- Sticherus litoralis (F.Phil.) Nakai
Taxones endémicos que solo se encuentran en Estepa Patagonica y Bosques Subpolares Magallánicos
- Alopecurus heleochloides Hack.
- Anthoxanthum spicatum (Parodi) Veldkamp
- Asplenium obtusatum G. Forst. var. sphenoides (Kunze) C. Chr. ex Skottsb.
- Atriplex chilensis Colla
- Baccharis mylodontis F.H.Hellwig
- Carex toroensis G.A. Wheeler
- Carex transandina G.A. Wheeler
- Conyza gayana Phil.
- Galium araucanum Phil.
- Geum quellyon Sweet
- Hordeum brachyatherum Phil.
- Madia chilensis (Nutt.) Reiche
- Nassauvia coronipappa Arroyo & Martic.
- Pseudognaphalium gayanum (J.Rémy) Anderb.
- Senecio mesembrynus Cabrera
- Sisyrinchium pearcei Phil.